南开大学2012自主招生确认的自主选拔录取人选须由学生所在中学张榜公布，省级招生办公室在本省相关媒体公示，南开大学也将通过南开大学本科生招生信息网公示，并报送教育部相关网站公示。据中国教育在线了解，南开大学2012自主招生选拔合格考生人数将不超过本年度招生计划的5%。
所有自主选拔考生需参加由南开大学2012自主招生选拔录取考核小组（主管校长任组长，成员为相关学科的专家、学者）组织的选拔测试，学校招生工作领导小组根据考生综合成绩（文化课考试*80%+面试成绩*20%）分省排名，分省确定人选，成绩优秀者可获得南开大学自主选拔录取资格。
对于在南开大学举办的“2011年南开大学全国中学生哲学、药学、医学、历史夏令营”中成绩合格，且被认定为南开大学自主选拔录取人选的考生，如高考总分（含附加分）低于南开大学同类科目在当地的最低录取分数线（平行志愿省份为最终模拟投档线），但高于当地同类科目重点分数线，且达到南开大学同类科目在当地最低录取分数线（平行志愿省份为第一次模拟投档线）下30-40分（出分报考志愿的省份30分，考前、估分填报志愿的省份40分）时，在专业服从调剂的情况下，经报省级招办审批同意后录取在协议规定专业。凡属降分录取的考生进入指定专业后一律不允许申请转专业。
此外，据中国教育在线了解，对于在南开大学“2011年南开大学数学夏令营”中成绩合格，且被认定为我校自主选拔录取人选的考生，如高考总分（含附加分）达到南开大学同类科目在当地最低录取分数线（平行志愿省份为第一次模拟投档线）时，在专业服从调剂的情况下，经报省级招办审批同意后录取在协议规定专业。